הרשות, באמצעות עורכי הדין יואב קוק ומאיר אלזם ממשרד שרקון, בן עמי, אשר ושות', דחתה את טענות המכון, וטענה כי מעולם לא התקבלה החלטה שלא לכבד חשבוניות של מכון שי אשר יוגשו לה על ידי המטופלים, ולכן אין כל הפרה של פסק הדין שניתן בעליון. לדבריה, גם אם סברה חברת מכון שי, בטעות, כי הרשות קיבלה החלטה שלא לכבד את החשבוניות, היה עליה לפנות לרשות לצורך קבלת הבהרות, ובמידת הצורך לנקוט בהליכים משפטיים מתאימים לצורך תיקון ההפרה הנטענת, וזאת בטרם תגיש תביעה כספית נגד הרשות.